Opción por la exclusión y abono del límite
En el caso de entidades a las que resulte de aplicación el tipo de gravamen general previsto en el apartado 1 o en el apartado 6 del artículo 29 de la LIS, las deducciones por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica a que se refieren los apartados 1 y 2 del artículo 35 de esta Ley, podrán, opcionalmente, quedar excluidas del límite establecido en el último párrafo del artículo 39.1 de la LIS, y aplicarse con un descuento del 20 por ciento de su importe, en los términos establecidos en este apartado.
En el caso de insuficiencia de cuota, se podrá solicitar su abono a la Administración tributaria a través de la declaración de este Impuesto, una vez finalizado el plazo recogido en la letra a) del siguiente apartado «Requisitos». Este abono se regirá por lo dispuesto en el artículo 31 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, y en su normativa de desarrollo, sin que, en ningún caso, se produzca el devengo del interés de demora a que se refiere el artículo 31.2 de dicha Ley.
De acuerdo con lo dispuesto en el artículo 39.2 de la LIS, el importe de la deducción aplicada o abonada:
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no podrá superar conjuntamente el importe de 1 millón de euros anuales, en el caso de las actividades de innovación tecnológica.
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no podrá superar conjuntamente, y por todos los conceptos, los 3 millones de euros anuales, en el caso de las actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica.
Ambos límites se aplicarán a todo el grupo de sociedades, en el supuesto de entidades que formen parte del mismo grupo según los criterios establecidos en el artículo 42 del Código de Comercio, con independencia de su residencia y de la obligación de formular cuentas anuales consolidadas.