Regla general
Ambdós impostos graven la transmissió de béns o drets. S'aplica l'IVA quan qui transmet és empresari o professional, i s'aplica el concepte «Transmissions Patrimonials Oneroses» quan qui transmet és un particular.
Exemple:
Un cotxe de segona mà comprat a un concessionari estarà gravat per l'IVA que ha de repercutir el concessionari al comprador. Al contrari, si la compra s'efectua a un particular, l'impost que ha de pagar l'adquirent és l'Impost sobre Transmissions Patrimonials i Actes Jurídics Documentats.
Una diferència fonamental entre ambdós impostos és la possibilitat de deducció de l'IVA quan el suporta un empresari. Ja que les quantitats pagades pel concepte «Transmissions Patrimonials Oneroses» constituïxen un cost per a l'empresari, l'IVA no ho és, atès que pot ser objecte de deducció en l'autoliquidació corresponent.
Com a regla general, es produïx la incompatibilitat d'ambdós impostos de manera que, en principi, les operacions realitzades per empresaris i professionals en l'exercici de la seua activitat empresarial o professional no estaran subjectes al concepte «Transmissions Patrimonials Oneroses» de l'Impost sobre Transmissions Patrimonials i Actes Jurídics Documentats, sinó a l'IVA.