La coordinació entre l'Estat i les Hisendes Forals ve establerta en els principis generals de coordinació i col·laboració recollits, respectivament, en els articles 5 i 4 del Conveni i del Concert Econòmic.

La coordinació entre el Departament d'Inspecció Financera i Tributària (DIFT) i les Hisendes Forals, enquadrada dins el Pla de Control Tributari i Duaner, comprèn tots els àmbits competencials del DIFT. Per tant, estem parlant de coordinació en actuacions inspectores; en actuacions gestores a través de la gestió de les grans empreses; actuacions coordinades en matèria d'auditoria informàtica; d'intercanvis d'informació, ja sigui en l'àmbit internacional com nacional; actuacions en l'àmbit internacional i altres activitats afins.

La necessària coordinació entre l'Administració Tributària Estatal i les Administracions Tributàries Forals, i específicament a través del DIFT, es fonamenta en dos fets bàsics. En primer lloc, les Hisendes Forals, en general, manquen de competències més enllà del seu àmbit territorial. En segon lloc, totes les Administracions tenen el deure de col·laborar en l'assistència i el control dels contribuents.

La coordinació entre el DIFT i les Hisendes Forals se centralitza a través de la Subdirecció General de Planificació i Control (SGPLACO), per tal d'aconseguir una homogeneïtat de criteris en matèria de tributació foral independentment del domicili fiscal dels contribuents i competència inspectora respecte d'aquests últims.

És important destacar que, en l'àmbit de la coordinació, existeixen quatre Administracions Tributàries Forals: Navarra, Àlaba, Guipúscoa i Biscaia. Això implica diferents escenaris de col·laboració, ja que, davant la idea generalitzada de què les normes són idèntiques, la realitat és que existeixen nombroses diferències que porten a haver d'afrontar diferents procediments de coordinació. La coordinació varia segons si es tracta de la Hisenda Foral de Navarra o de les Diputacions forals bascos, i dins aquestes últimes també existeixen diferències en funció de les seves necessitats i característiques organitzatives.

En els últims anys, com a conseqüència de les constants modificacions del Conveni i del Concert Econòmic, ha sorgit la necessitat d'una major coordinació entre el DIFT i les Hisendes Forals. Això s'ha manifestat en l'aparició de nous procediments de col·laboració, entre els quals hem de destacar l'obligatorietat d'aplicar el principi de Regularització Íntegra en matèria d'IVA, tant en l'àmbit de persones jurídiques com físiques, així com, en l'àmbit d'operacions entre contribuents de competència estatal i foral, tant de tributació individual, a una sola Administració, com de manera conjunta, a diverses Administracions.

Així mateix, cap recalcar en la necessitat de coordinació en la regularització d'operacions vinculades entre contribuents de diversos àmbits competencials. En aquest cas no estarem només davant la necessitat de coordinar-nos entre dues administracions, sinó que poden arribar a estar implicades les cinc administracions tributàries, com s'indica anteriorment.

La coordinació en l'àmbit d'actuacions inspectores persegueix objectius generals com ara la lluita contra el frau, la prevenció de la deslocalització tributària, línies de treball homogènies, l'aplicació de criteris del Conveni i el Concert Econòmic i, al seu torn, intentar evitar, o com a mínim reduir, la conflictivitat entre les diferents Administracions Tributàries, reduint els seus efectes negatius per als contribuents.

Per tal d'aconseguir aquests objectius és precisa la coordinació de les actuacions dels actuaris distribuïts per tot el territori nacional, a l'efecte d'obtenir un funcionament homogeni dins l'Agència Tributària, en l'àmbit de criteris i procediments.

La coordinació comprèn a tota mena d'actuacions del DIFT, no només actuacions de control dels òrgans d'Inspecció, sinó també d'assistència a través dels òrgans de Gestió de les grans empreses i actuacions realitzades per les oficines nacions incardinades en l'estructura del Departament, i molt especialment per l'Equip Central d'Informació de la ONIF.

Comprèn a tota mena de contribuents, sense distinció alguna. No obstant això, el col·lectiu sobre el qual, tradicionalment, es focalitza la coordinació és el corresponent al dels obligats tributaris que han de tributar de manera conjunta a més d'una Administració, en especial en matèria de l'impost sobre societats i a l'IVA. Aquests obligats tributaris són persones jurídiques amb volums d'operació que superen els 10 milions d'euros. Les obligacions tributàries d'aquests contribuents són més complexes i, per això, requereixen assistència per part de les Administracions i que aquestes es coordinin per reduir l'esmentada complexitat.

Dins les actuacions de coordinació es poden citar canvis de domicili fiscal, retencions individuals i de grups fiscals, percentatges de tributació, intercanvis DAC (informació transfronterera), acords previs de valoració, Subministrament Immediat d'Informació (SII), liquidació vinculada a delicte, operacions vinculades o coordinació IVA-ITP entre Comunitats Autònomes de Règim Comú i les Hisendes Forals, entre altres actuacions.

En conclusió, la necessitat de coordinació entre el Departament d'Inspecció i les Hisendes Forals és part fonamental de les funcions del DIFT, en nom, sempre, de facilitar el compliment de les obligacions tributàries dels contribuents en l'àmbit de la tributació foral, així com d'efectuar un control homogeni en tot el territori nacional.